為了阻止魔彈之射手制定的日本再啟動(dòng)計(jì)劃，折原瑪雅不惜犧牲了自己的生命，臨死之前，瑪雅說(shuō)出了一個(gè)很大的秘密，她把“第三個(gè)皇帝”的真實(shí)身份告訴了藤丸和音彌，它就是破壞力最強(qiáng)、最?lèi)憾镜臍鋸?，通稱(chēng)“沙皇炸彈”，一旦這顆炸彈在東京引爆，那么后果實(shí)在不堪設(shè)想。藤丸和音彌很清楚，他們無(wú)論如何也要調(diào)查出結(jié)果，不僅僅為了死去的瑪雅，也為了拯救很多人的生命。經(jīng)過(guò)調(diào)查他們發(fā)現(xiàn)，一個(gè)叫做“教授”的男人掌握了“沙皇炸彈”，以及聯(lián)絡(luò)魔彈之射手的關(guān)鍵鑰匙，他們按照瑪雅留下的線索來(lái)到橫濱一家店，向一位看起來(lái)像店主的男人請(qǐng)教，問(wèn)他是否認(rèn)識(shí)一個(gè)叫教授的人。一番調(diào)查詢(xún)問(wèn)之后，藤丸和音彌終于來(lái)到了教授的住處，他們利用教授家的電腦終于查出了“沙皇炸彈”的所在位置，藤丸馬上聯(lián)絡(luò)加納，告知他所查到的結(jié)果，于是THIRD-i的成員們火速趕往現(xiàn)場(chǎng)，確認(rèn)集裝箱中的東西究竟是不是“沙皇炸彈”。